Principalele departamente ale unui magazin online sunt următoarele :
Departamentul de vânzari – este alcatuit din consultanţi. Aceştia au rolul de a comunica cu clienţii şi de a îi îndruma în alegerea unui produs sau a altuia. În cazul în care potenţialul client alege un produs de pe site care nu se mai găseşte în stocul propriu sau al furnizorului, consultantul de vânzări îl îndreaptă pe acesta către un produs cu aproximativ aceleaşi caracteristici si preţ apropiat, dar care ase află în stoc. Consultanţii trebuie să aibă cunoştinţe tehnice despre produse şi trebuie să cunoască diferenţele dintre produsele similare.
Departamentul de legatură cu furnizorii – este acel departament care primeşte oferta şi o procesează pentru a o afişa pe site. Angajaţii acestui departament au rolul de păstra o bună informare asupra stocurilor de marfă ale furnizorilor precum şi asupra eventualelor modificări de preţuri ale acestora. Un site bine actualizat scuteşte firma de multe probleme şi complicaţii şi totodată reprezintă o formă de respect faţă de client. Un client care comandă de pe un site unul sau mai multe produse şi apoi află ca acestea nu sunt pe stoc, deşi pe site era specificat că sunt, sau află că preţurile afişate pe site s-au modificat, cu siguranţă va fi dezămagit de serviciile oferite şi pe viitor probabil va apela la un alt magazin online. Acesta este practic singurul departament care diferenţiază un magazin tradiţional, care lucrează cu stocurile proprii, de un magazin online.
